Дело в том что раньше всё работало, потом просто файлы из папки mysql заменили из архива на ftp-сервере.
Неужели замена этих файлов повлияла так?!
Самифизически файлы где располагаются?!
А что с правами новых файлов базы данных?
На счет лежат точно не скажешь, где-то в mysql/data, а сама папка может быть либо в ./etc, либо в ./var, либо в usr/*/