.htaccess удаляли из-за того же mod_rewrite - последний мог быть не активен и вызывать глюки.
Тээкс, 500 ошика еще может быть из-за багов в настройках директорий - но это в суппорт нужно. На счет базы тоже советую в суппорт, пусть проверят, видят ли они базу под root-ом. Если видят то значит у вашего пользователя для базы данных тупо нет прав.